当然ですが、お金が掛かります。
取得時にドメインの種類にもよりますが数千円掛かります。
それにドメインには更新が発生します。（一般的に１年ごとに更新が多いです）
更新時にも取得時と同じぐらいの料金が掛かりますのでレンタルサーバー費と併せてもそれなりのお金が掛かります。
管理面についても自分で管理しなければならないので、ドメインの更新・料金の支払いを忘れて削除されてしまう、なんて事も十分に有り得ます。
ドメインを利用するにはネームサーバが必要となりますが、そのIPアドレス設定も、慣れていない方には難しいと感じるでしょう。

以上のようなデメリットが上げられますが、メリットと比べると大したことはありません。

しかし、それが心配な方は全てのデメリットを解消してくれるサービスがあります。当サイトでオススメしている大塚商会が、そのサービスを扱っている業者の一つです。
大塚商会では、レンタルサーバーの契約料金のみ支払うだけで、ドメインの取得費・更新費の料金は一切掛かりません。管理も行ってくれるので、ドメインだけ削除されてしまうことはありません。ネームサーバの設定も当然不要です。

その様なサービスの方が安心して利用できますので当サイトはオススメします。